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Forscher des Leibniz-Instituts für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) legen erstmals ein möglichst großes Abbild der genetischen Vielfalt von Raps vor. In Kooperation mit Pflanzenzüchtern und universitären Partnern entschlüsselten die Wissenschaftler die genetischen Unterschiede von 52 Rapssorten. Die Onlinezeitschrift Scientific Data der renommierten Nature Publishing Group akzeptiert das IPK mit der Veröffentlichung dieser Ergebnisse auf IPK-Servern als digitales Ressourcenzentrum.
Raps ist eine der weltweit wichtigsten Quellen für die Herstellung von Pflanzenöl als Nahrungsmittel und Biotreibstoff. Moderne Sorten dieser Kulturpflanze haben durch züchterische Selektion einen erheblichen Teil ihrer genetischen Vielfalt verloren. Damit fehlt ihnen die Grundlage für die Entwicklung zukünftig robusterer und ertragsstabilerer Sorten. Anhand 52 verschiedener Rapssorten entschlüsselten Wissenschaftler am Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) gemeinsam mit Kollegen eine möglichst große genetische Vielfalt dieser bedeutenden Kulturpflanze. Als qualitativ hochwertiger Datensatz stehen diese Ergebnisse nun sowohl Forschern als auch Züchtern auf IPK-Servern zur Verfügung. Zum Einsatz kommt dabei die Publikationssoftware „e!DAL“, ebenfalls eine Entwicklung der IPK-Wissenschaftler.
Die Forscher wollten möglichst unterschiedliche Sequenzen im genetischen Bauplan der einzelnen Sorten identifizieren. Im Fokus der Wissenschaftler standen sogenannte Punktmutationen im Genom („Einzelnukleotid-Polymorphismen“, auch als „SNPs“ bezeichnet), welche die Aktivität und die Funktion eines Gens beeinflussen können. Diese Sequenzen sind ein Schlüssel für die Anpassung heutiger Rapspflanzen an veränderte Umwelt- und Anbaubedingungen. Die Forscher konnten insgesamt 4.3 Millionen Punktmutationen identifizieren. Der nun verfügbare Datensatz ist damit nicht nur eine umfassende Basis für die moderne Züchtungsforschung, sondern auch ein einzigartiger Einblick in die genetische Entwicklungsgeschichte von Raps.
Für Dr. Uwe Scholz, Leiter der Arbeitsgruppe Bioinformatik und Informationstechnologie und Koordinator der Biodiversitätsinformatik am Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK), ist dieses Projekt zukunftsweisend: „Der Wissenschaft stehen heute mehr Daten zur Verfügung als je zuvor. Diese sinnvoll zu nutzen ist eine unserer wichtigsten Herausforderungen im sogenannten Big Data Zeitalter. Dass die Nature Publishing Group den Datensatz veröffentlicht und unser e!DAL-Repository als Datenbank anerkennt, würdigt die qualitativ hochwertige Aufarbeitung dieser gewaltigen Datenmengen und zeichnet das IPK als digitales Ressourcenzentrum aus. Uns eröffnet das natürlich den Weg für zukünftige Kooperationen.“
Originalpublikation:
Schmutzer, T. et al. Species-wide genome sequence and nucleotide polymorphisms from the model allopolyploid plant Brassica napus. Sci. Data 2:150072 doi: 10.1038/sdata.2015.72 (2015). (Web: http://www.nature.com/articles/sdata201572)
Ansprechpartner für die Medien
Anne Mesecke, Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK), Geschäftsstelle des Direktoriums I Öffentlichkeitsarbeit, Corrensstraße 3, 06466 Seeland OT Gatersleben, Tel. +49 039482 5837 - Fax: +49 039482 5500 – E-Mail: mesecke@ipk-gatersleben.de
Fachlicher Ansprechpartner
Dr. Uwe Scholz, Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK), Corrensstraße 3, 06466 Seeland OT Gatersleben - Tel. +49 039482 5513 – E-Mail: scholz@ipk-gatersleben.de
Die Gensequenzdaten stellen die Wissenschaftler in Kreisdiagrammen dar, auf denen hoch diverse Segme ...
Source: IPK
Criteria of this press release:
Business and commerce, Journalists, Scientists and scholars, Students, Teachers and pupils, all interested persons
Biology, Information technology, Nutrition / healthcare / nursing, Zoology / agricultural and forest sciences
transregional, national
Research projects, Research results
German
Die Gensequenzdaten stellen die Wissenschaftler in Kreisdiagrammen dar, auf denen hoch diverse Segme ...
Source: IPK
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