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785 GigaFlops für biotechnologische und medizinische Forschung - Mit 256 Prozessoren auf Platz sechzehn der leistungsfähigsten Computersysteme in Deutschland
Gut aufgestellt sind die Wissenschaftler des Instituts für Technische Biochemie der Universität Stuttgart mit ihrem neuen Hochleistungs-PC-Cluster. Der aus Standardkomponenten im Zentrum für Bioverfahrenstechnik der Universität Stuttgart installierte Cluster liegt mit 256 Prozessoren auf Platz 16 der leistungsfähigsten Computersysteme in Deutschland, europaweit auf Position 47 und weltweit auf Rang 205 der am 24. Juni in Heidelberg auf der "Internatio-nal Supercomputer Conference" vorgestellten Liste der 500 schnellsten Hochleistungsrechner der Welt. Berücksichtigt man nur die an akademischen Institutionen installierten Computer, dann stehen die Stuttgarter Biochemiker in Deutschland auf dem fünften Rang, europaweit auf Position 16 und weltweit auf Position 64. Die Mitarbeiter des Instituts für Technische Biochemie nutzen die theoretische Spitzenleistung von 785 GigaFlops zur Forschung an biochemischen und medizinischen Fragestellungen. Die Modellierung der dynamischen Eigenschaften komplexer biologischer Makromoleküle erfordert ein großes Maß an Rechenleistung. Die Modelle werden eingesetzt, um die Ursachen für Erkrankungen auf molekularer Ebene zu untersuchen und mit Hilfe des Computers neue Wirkstoffe und Katalysatoren für biotechnologische Anwendungen gezielt zu entwickeln.
Cluster ermöglicht Forschung auf der molekularen Ebene
Der vom Bundesministerium für Bildung und Forschung geförderte Stuttgarter BioCORTEX-Cluster (Biology by Computational Research Tools and Experiments) wird ausschließlich zur Bearbeitung biotechnologischer und medizinischer Fragestellungen eingesetzt. Im Mittelpunkt steht die Frage, wie die Eigenschaften von Proteinen von ihrer Sequenz abhängen und wie sie sich ge-zielt ändern lassen. Das enorme Potential an Rechenleistung versetzt die Mitarbeiter in die Lage, auf einer molekularen Ebene Fragestellungen zu bearbeiten, die aufgrund ihrer Komplexität weltweit bislang nur von wenigen Forschungsgruppen angegangen werden konnten: warum ähnliche Proteine unterschiedliche Eigenschaften aufweisen, wie es Bakterien schaffen, resistent gegen ein Antibiotikum zu werden, oder warum ein Medikament von verschiedenen Patienten unterschiedlich abgebaut wird. Am Dienstag, den 8. Juli werden die Stuttgarter Wissenschaftler die Leistungsfähigkeit des neuen Clusters bei einer Tagung zur "Simulation komplexer biologischer Makromoleküle" Stand und Perspektiven des High Performance Computing sowie ausgewählte Anwendungen aus Biotechnologie, Biophysik und Ingenieurwissenschaften vorstellen (Ort: Campus Vaihingen, Zentrum Bioverfahrenstechnik, Allmandring 31; Zeit: 8.30 Uhr bis etwa 15.30 Uhr).
Daten zum BioCORTEX-Cluster
Der BioCORTEX-Cluster besteht aus 128 Rechnerknoten mit jeweils zwei AMD Athlon MP1800+Prozessoren, die mit dem Myrinet2000 Hochgeschwindigkeitsnetz miteinander verbunden sind. Der Cluster verfügt über einen verteilten Hauptspeicher von 128 GigaByte; zur Datenspeicherung ist er mit zwei TeraByte lokalem und zehn TeraByte verteiltem Festplattenspeicher ausgestattet. Die Rechenleistung nach dem Linpack-Benchmark beträgt 478 GigaFlops, die theoretische Spitzenleistung 785 GigaFlops.
Weitere Informationen bei Dr. Jürgen Pleiss am Institut für Technische Biochemie der Universität Stuttgart unter Tel. 0711/685-3191, Fax 0711/685-3196, e-mail: Juergen.Pleiss@po.uni-stuttgart.de, unter www.itb.uni-stuttgart.de sowie unter www.top500.org.
http://www.itb.uni-stuttgart.de
http://www.top500.org
Criteria of this press release:
Biology, Chemistry, Information technology, Medicine, Nutrition / healthcare / nursing
transregional, national
Research projects
German
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