idw – Informationsdienst Wissenschaft
Nachrichten, Termine, Experten
Nachrichten, Termine, Experten
Grundlagenforschung ist auf den freien Zugang zu Forschungsdaten angewiesen. Unterhaltung, Pflege und Weiterentwicklung von Forschungsdatenbanken kosten viel Geld, das bislang dank weniger großer Förderer zur Verfügung stand. Heute ist die Zukunft vieler Repositorien allerdings ungewiss. Die Betreiber der Datenbanken beginnen bereits damit, hohe Nutzungsgebühren einzuführen. Finanzmittel, die nicht eingeplant und für viele Forscher/-innen aus den Ländern des globalen Südens auch gar nicht leistbar sind. Am Beispiel der Datenbank VEuPathDB (The Eukaryotic Pathogen, Vector, and Host Informatics Resources) werden die Konsequenzen des Verlusts von freiem Zugang zu Daten deutlich.
Stellen Sie sich vor, das Browsen im Internet, die Nutzung von Suchmaschinen und eingebauten KI-Tools sei plötzlich zahlungspflichtig. Das hätte wahrscheinlich einen massiven Einfluss auf Ihre tägliche Arbeit und ihre Produktivität. „Genau dieses Szenario zeichnet sich gerade in Hinblick auf spezialisierte wissenschaftliche Datenbanken ab - die Entwicklungen bei der vor allem in der Infektionsbiologie genutzten Datenbank VEuPathDB sind da nur ein Beispiel“ darauf weist Prof. Dr. Markus Engstler, jüngst gewählter Präsident des VBIO, aus aktuellem Anlass hin.
Biowissenschaftliche Forschung benötigt Zugang zu einer Vielzahl von speziellen Datensammlungen. Die dort gesammelten Daten sind allesamt Forschungsergebnisse, die über lange Zeiträume hinweg erhoben, annotiert und in Datenbanken öffentlich zugänglich gemacht wurden. Tatsächlich sind Publikationen ohne Veröffentlichung der zu Grunde liegenden experimentellen Datensätze heute quasi nicht mehr möglich. In den Datenbanken liegen also Schätze – wissenschaftliche Ergebnisse, auf denen alle künftige Forschung aufbaut.
Beispiele solcher unverzichtbaren Ressourcen sind die großen biologischen Datenbanken; etwa die Sammlungen genetischer und biochemischer Daten, die seit Beginn der Molekularbiologie vor über 50 Jahren aufgebaut wurden. Die Protein Data Bank (PDB) etwa versammelt alle verfügbaren Strukturdaten von Proteinen. Nur mit Hilfe dieser dort über Jahrzehnte gepflegten Datensätze konnte eine bahnbrechende KI wie AlphaFold trainiert werden – eine Leistung, die soeben mit dem Nobelpreis ausgezeichnet wurde.
Im Bereich der eukaryotischen Pathogene, Vektoren und Wirtsinformationen ist die relevante Datenbank VEuPathDB. Sie stellt sicher, dass genomische und andere umfangreiche Datensätze für die weltweite Gemeinschaft der biomedizinischen Forscher zugänglich, durchsuchbar und mit ständig neuen Algorithmen analysierbar sind. Sie liefert damit entscheidende Informationen über Erreger von Infektionskrankheiten, einschließlich ihrer Interaktion mit Säugetierwirten und Krankheitsüberträgern, wie z. B. blutsaugenden Mücken und Fliegen. Die Grundlagenforschung an großen Infektionskrankheiten mit Millionen Krankheitsfällen wie beispielsweise Malaria oder Chagas-Fieber ist auf den offenen und freien Zugang zu den in dieser Datenbank hinterlegten Daten angewiesen.
Doch die Finanzierung von VEuPathDB ist in Gefahr, da sich das NIH, bisher maßgeblicher Förderer, aus der Förderung zurückgezogen hat. Vor wenigen Wochen wurde ein „freiwilliges Bezahlmodell“ eingeführt, das den Fortbestand der Datenbank kurzfristig sichern soll. Das bedeutet für ein durchschnittlich großes Labor Kosten von bis zu mehreren tausend Euro pro Jahr. Finanzielle Mittel, die so nicht eingeplant und für viele Forscher/-innen aus den Ländern des globalen Südens so gar nicht leistbar sind.
Wenn ein wissenschaftliches Fachgebiet seine spezialisierten Datenbanken - hier die VEuPathDB - verliert, wird seine Produktivität umgehend und drastisch eingeschränkt. Das Forschungsfeld verliert massiv an Attraktivität. Der wissenschaftliche Nachwuchs wird auf der Suche nach zukunftsträchtigeren und produktiveren Forschungsfelder kurzfristig abwandern und das Fachgebiet mittelfristig verschwinden. Dies wäre vor allem für Forschungsfelder wie die Infektionsbiologie oder Parasitologie fatal, die die Grundlagen liefern, um z.B. den Herausforderungen von One Health und Pandemieprävention zu begegnen.
Es besteht also kurzfristiger Handlungsbedarf, denn die erforderlichen Mittel müssen zeitnah zur Verfügung gestellt werden. Eine zeitlich befristete Aussetzung der Pflege der Datenbanken ist dabei keine Option, da der Datenbestand ständig wächst und die Datenbank selbst technisch angepasst werden müssen. „Ist das entsprechende personelle Know-how erst einmal verloren, ist die Wiederherstellung einer einmal abgeschalteten Datenbank kaum noch möglich – und kostet deutlich mehr als der Erhalt der bestehenden Datenbank“ erläutert Engstler.
Das drohende Schicksal der VEuPathDB ist hier nur ein aktuelles Beispiel für die Herausforderungen, die auf die Biowissenschaften zukommen.
Es ist dringend Zeit, dass die Naturwissenschaften sich der Gefahr bewusst werden und dass die Politik die Instrumente schafft, wissenschaftliche Datenbanken unangreifbar und resilient zu machen.
Den Beitrag von Prof. Dr. Markus Engstler finden sie unter https://www.vbio.de/aktuelles/details/vbio/die-zukunft-biowissenschaftlicher-dat...
Informationen:
Für Rückfragen und Interviews steht Ihnen Prof. Dr. Markus Engstler gerne zur Verfügung (E-Mail: markus.engstler@uni-wuerzburg.de)
Weitere Informationen erhalten Sie auch bei Dr. Kerstin Elbing (Ressort Kommunikation), Geschäftsstelle Berlin des VBIO, Tel. 030-287891918, E-Mail: elbing@vbio.de
*****
Über den VBIO
Der VBIO e. V. ist das gemeinsame Dach für alle, die im Bereich Biologie, Biowissenschaften und Biomedizin studieren oder tätig sind – egal ob in Hochschule, Schule, Industrie, Verwaltung, Selbstständigkeit oder Forschung.
Die Mitglieder des VBIO vertreten das gesamte Spektrum der Biowissenschaften von der molekularen, zellulären oder der am Organismus orientierten Sicht bis hin zur Biomedizin.
Criteria of this press release:
Journalists, Scientists and scholars
Biology, Chemistry, Environment / ecology, Medicine, Zoology / agricultural and forest sciences
transregional, national
Science policy
German
You can combine search terms with and, or and/or not, e.g. Philo not logy.
You can use brackets to separate combinations from each other, e.g. (Philo not logy) or (Psycho and logy).
Coherent groups of words will be located as complete phrases if you put them into quotation marks, e.g. “Federal Republic of Germany”.
You can also use the advanced search without entering search terms. It will then follow the criteria you have selected (e.g. country or subject area).
If you have not selected any criteria in a given category, the entire category will be searched (e.g. all subject areas or all countries).
