idw – Informationsdienst Wissenschaft
Nachrichten, Termine, Experten
Nachrichten, Termine, Experten
Conakry, Guinea – 25. Juni 2025 – In Conakry, Guinea, wurde erfolgreich die neue Bioinformatik-Pipeline „ViMOP“ eingeführt, entwickelt zur Analyse ungerichteter Nanopore-Sequenzierungsdaten – überall dort, wo sie gebraucht wird: an Orten mit eingeschränkten Ressourcen und von Personal ohne große Vorkenntnisse in Bioinformatik. Sieben Mitarbeitende aus drei Labors des vom German Health Protection Programme (GHPP) geförderten CELESTA-Programms nahmen an der Einführungs- und Schulungssitzung teil – ein bedeutender Schritt für die Stärkung der regionalen Kapazitäten zur Überwachung von Infektionskrankheiten mittels fortschrittlicher Genomanalyse.
Das einwöchige Intensivtraining fand im Centre de Recherche en Virologie (CRV) statt. Es ist Teil des CELESTA-Netzwerks führender Partnereinrichtungen in Westafrika ist. Dazu zählen das Irrua Specialist Teaching Hospital (ISTH, Nigeria), das Viral Hemorrhagic Fever Laboratory in Gueckédou (LFHV-GKD, Guinea) und das Viral Hemorrhagic Fever Laboratory of Gueckédou (CRV-LFVHG). Alle drei spielen eine zentrale Rolle bei der Überwachung und Eindämmung hämorrhagischer Fieber (Viral Hemorrhagic Fevers, VHF) in der Region.
Im Mittelpunkt des Workshops stand die Einführung von “ViMOP“, einem innovativen bioinformatischen Werkzeug, das vom Team für Ausbruchsvorbereitung und -reaktion (Outbreak Preparedness and Response, OPR) am Bernhard-Nocht-Institut für Tropenmedizin (BNITM) unter der Leitung von Dr. Duraffour entwickelt wurde. ViMOP steht für “Virus Metagenomics Outbreak Pipeline“ und ermöglicht eine effizientere Analyse komplexer Viren, die an Ausbrüchen beteiligt sind. Die Pipeline wurde von einem multidisziplinären Bioinformatik-Team aus Deutschland, Belgien, Nigeria und Guinea entwickelt und vereint Portabilität, Einfachheit und analytische Tiefe für ungerichtete Nanopore-Sequenzierungen mit MinION-Geräten (Oxford Nanopore Technologies). Neben der erfolgreichen Einführung in Guinea und Nigeria steht ViMOP der globalen Fachöffentlichkeit offen zur Verfügung. Dies stärkt die virale Genomüberwachung weltweit und leistet einen direkten Beitrag zu gesundheitspolitischen Maßnahmen.
Das BNITM-Team vermittelte den Labormitarbeitenden des GHPP-CELESTA nicht nur theoretisches Wissen, sondern auch praktische Fähigkeiten im Umgang mit ViMOP. Die Teilnehmenden lernten, wie sie die Pipeline eigenständig installieren, metagenomische Datensätze analysieren, Ergebnisse interpretieren und diese in Handlungsempfehlungen für Überwachung und Bekämpfung von Infektionskrankheiten übersetzen können.
Dr. Nils Petersen, leitender Bioinformatiker im OPR-Team, erklärt:
„ViMOP ist aus einer internationalen Zusammenarbeit entstanden, um den besonderen Anforderungen von Laboren in ressourcenlimitierten Regionen gerecht zu werden. Die Pipeline wurde bewusst einfach, zuverlässig und wartungsarm gestaltet, um die virale Überwachung effektiv zu unterstützen – mit klaren Ergebnissen für schnelle Entscheidungen.“
Das GHPP-CELESTA-Programm setzt sich seit Langem für den Ausbau von Labor- und Sequenzierkapazitäten in Westafrika ein. Mit neuen Werkzeugen wie ViMOP folgt das Programm den Empfehlungen des kürzlich verabschiedeten Pandemieabkommens der Weltgesundheitsversammlung, das eine Stärkung der genomischen Überwachung vorsieht – für eine schnellere Erkennung und Nachverfolgung viraler Krankheitserreger.
GHPP-CELESTA-Programm
Das GHPP-CELESTA-Programm ist eine multilaterale Initiative zur Stärkung der Gesundheitssysteme in Guinea und Nigeria. Im Fokus stehen der Ausbau der Laborkapazitäten, die Verbesserung der genomischen Überwachung und die Schulung lokaler Labormitarbeitender.
Centre de Recherche en Virologie (CRV)
Das CRV ist eine öffentliche wissenschaftliche Einrichtung unter dem guineischen Ministerium für Hochschulbildung, Forschung und Innovation. Geleitet von Prof. Sanaba Boumbaly, erforscht es hämorrhagische Fieber und andere virale Erkrankungen. Es dient als Referenzzentrum für epidemieanfällige Infektionen und bildet Master-Studierende, Promovierende und Labortechniker:innen aus. Forschungsschwerpunkte sind VHFs, virale Erkrankungen mit Epidemiepotenzial und neu auftretende Zoonosen, insbesondere Marburg, Ebola, Gelbfieber, Masern und Röteln.
Irrua Specialist Teaching Hospital (ISTH)
Das ISTH im nigerianischen Bundesstaat Edo ist eine zentrale Einrichtung im Kampf gegen Lassa-Fieber. Seit 2007 betreibt es das Institut für Lassa-Fieber-Forschung und -Bekämpfung (ILFRC). 2018 leisteten Wissenschaftler:innen des ISTH Pionierarbeit bei der Entwicklung tragbarer Genomsequenzierungstechnologien. Ziel ist es, Morbidität und Mortalität durch Lassa-Fieber durch Forschung, Ausbildung und Aufklärung zu verringern.
Labor für hämorrhagisches Fieber in Gueckédou (LFHV-GKD)
Seit 2016 im Einsatz, wird das LFHV-GKD von Fara Raymond Koundouno geleitet. Es bietet Diagnostik für hämorrhagische Fieber und andere virale Krankheitserreger mit Epidemiepotenzial im südlichen Guinea an. Das Labor wird durch das BNITM und das Bundesministerium für Gesundheit unterstützt und führt mehrere Forschungsprogramme durch.
Evolutionary and Computational Virology (ECV), KU Leuven
Die ECV-Gruppe der KU Leuven ist auf Nanopore-Sequenzierung spezialisiert und untersucht die evolutionären Prozesse viraler genetischer Diversität. Sie entwickelt Software wie SPREAD und hat maßgeblich an BEAST und BEAGLE mitgewirkt – Tools, die auch für ViMOP relevant sind.
CoSy.Bio, Universität Hamburg
CoSy.Bio erforscht molekulare Krankheitsmechanismen mithilfe von KI und kombinatorischer Optimierung. Ziel ist die Entwicklung neuer Ansätze für Arzneimittelrepositionierung und Synergieeffekte in der Pharmakologie. Ein Schwerpunkt liegt auf Datenschutz in KI-Anwendungen, insbesondere durch föderierte Lernverfahren.
Bernhard-Nocht-Institut für Tropenmedizin (BNITM)
Das Bernhard-Nocht-Institut für Tropenmedizin (BNITM) ist Deutschlands größte Einrichtung für Forschung, Versorgung und Lehre im Bereich tropischer und neu auftretender Infektionskrankheiten. Zu den aktuellen Schwerpunkten zählen Malaria, hämorrhagische Fieberviren, vernachlässigte Tropenkrankheiten (NTDs), Immunologie, Epidemiologie und die klinische Versorgung tropischer Infektionen sowie die Mechanismen der Virusübertragung durch Stechmücken. Für den Umgang mit hochpathogenen Viren und infizierten Insekten verfügt das Institut über Laboratorien der höchsten biologischen Sicherheitsstufe (BSL4) und ein Sicherheits-Insektarium (BSL3). Das BNITM unterstützt den Aufbau von Laborkapazitäten, darunter mobile Labore, in zahlreichen Ländern weltweit, insbesondere im Globalen Süden.
Dr. Sophie Duraffour
Laborgruppe Duraffour - Pahlmann
Bernhard-Noch- Institut für Tropenmedizin
Tel.: +49 40 285380-641
duraffour@bnitm.de
Criteria of this press release:
Journalists, Scientists and scholars
Biology, Information technology, Medicine
transregional, national
Research projects, Transfer of Science or Research
German
You can combine search terms with and, or and/or not, e.g. Philo not logy.
You can use brackets to separate combinations from each other, e.g. (Philo not logy) or (Psycho and logy).
Coherent groups of words will be located as complete phrases if you put them into quotation marks, e.g. “Federal Republic of Germany”.
You can also use the advanced search without entering search terms. It will then follow the criteria you have selected (e.g. country or subject area).
If you have not selected any criteria in a given category, the entire category will be searched (e.g. all subject areas or all countries).
