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Die Medizinische Fakultät der Universität Duisburg-Essen (UDE) freut sich über eine Förderung der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) für Prof. Dr. Johannes Köster und Prof. Dr. Daniel R. Engel. Sie entwickeln mit „SRPtn“ (Serpentine) eine Datenanalyseplattform auf Basis des international etablierten Workflow-Systems „Snakemake“. Die Plattform vernetzt Teams, führt Analysen von Rohdaten bis zur fertigen Publikation durch und sichert Transparenz sowie Reproduzierbarkeit. Die DFG unterstützt das Projekt mit mehr als 600.000 Euro über einen Zeitraum von 36 Monaten.
Prof. Dr. Köster ist Professor für Bioinformatische Algorithmen in der Onkologie am Institut für Künstliche Intelligenz in der Medizin (IKIM), Prof. Dr. Engel arbeitet als Professor für Immundynamik am Institut für Experimentelle Immunologie. Im Rahmen ihres Projekts „SRPtn: Solving the Last Mile Problem of In Silico Reproducibility“ entwickeln sie gemeinsam mit Dr. Henning Timm von den Research Data Services der UDE am universitätsmedizinischen Standort Essen die integrierte Datenanalyseplattform „SRPtn“.
So arbeitet „SRPtn“
Sie basiert auf dem von Prof. Köster entwickelten Workflow-Management-System „Snakemake“. Die Plattform soll Forschenden unterschiedlicher Disziplinen ermöglichen, komplexe Datenanalysen kollaborativ und durchgängig durchzuführen – von den Rohdaten bis zu den finalen Abbildungen und Tabellen einer wissenschaftlichen Publikation. Dabei sollen zugleich Transparenz und Reproduzierbarkeit sichergestellt werden. Dazu finden unterschiedliche, oft komplementäre Kompetenzen innerhalb eines Teams Berücksichtigung. KI-Funktionen unterstützen diese.
Prof. Dr. Engel bringt in das Projekt die biomedizinische Perspektive sowie seine umfassende Expertise in der hochauflösenden, multimodalen Analyse komplexer Gewebe- und Einzelzell-Datensätze ein, die besonders hohe Anforderungen an strukturierte, reproduzierbare und interdisziplinär anschlussfähige Analyseprozesse benötigen. Dr. Timm ergänzt in fachlicher Hinsicht die Research-Data-Management-Perspektive. Durch die enge Verzahnung von methodischer Entwicklung seitens des IKIM und biomedizinischer Anwendung durch das Institut für Experimentelle Immunologie wird „SRPtn“ praxisnah entwickelt. Die Plattform kann darüber hinaus unmittelbar in anspruchsvollen realen Forschungsprojekten erprobt werden.
Internationale Kooperation
Die internationale und intersektorale Zusammenarbeit unterstreicht die hohe Relevanz des Vorhabens für Wissenschaft, Forschungsinfrastrukturen und industrielle Anwendungen. Zu den Kooperationspartner:innen des Projekts zählen die Harvard Medical School, das europäische Kernforschungszentrum CERN (Conseil Européen pour la Recherche Nucléaire), das Berlin Institute of Health at Charité (BIH), das German Human Genome-Phenome Archive (GHGA), NFDI×CS (National Research Data Infrastructure for and with Computer Science) und der Chemiekonzern BASF.
Prof. Dr. Johannes Köster, Professor für Bioinformatische Algorithmen in der Onkologie am Institut für Künstliche Intelligenz in der Medizin (IKIM), johannes.koester@uk-essen.de
Prof. Dr. Johannes Köster, Professor für Bioinformatische Algorithmen in der Onkologie am Institut f ...
Source: Fabian Strauch
Copyright: Fabian Strauch, UDE
Prof. Dr. Daniel R. Engel, Professor für Immundynamik am Institut für Experimentelle Immunologie
Source: Frank Preuß
Copyright: Frank Preuß, UDE
Criteria of this press release:
Journalists, Scientists and scholars
Information technology, Medicine
transregional, national
Research projects
German
Prof. Dr. Johannes Köster, Professor für Bioinformatische Algorithmen in der Onkologie am Institut f ...
Source: Fabian Strauch
Copyright: Fabian Strauch, UDE
Prof. Dr. Daniel R. Engel, Professor für Immundynamik am Institut für Experimentelle Immunologie
Source: Frank Preuß
Copyright: Frank Preuß, UDE
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