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Prof. Böcker ist neuer Inhaber des Lehrstuhls für Bioinformatik der Universität Jena
Jena (06.10.06) Am Anfang steht ein "Schrotschuss". Wollen Genetiker heute die Erbinformation eines Organismus entschlüsseln - ganz gleich ob Bakterium oder Mensch - bedienen sie sich der so genannten "Shotgun" Methode. Dabei "zerschießen" spezielle Enzyme den gesamten DNA-Strang in zahllose kleine Fragmente, da sich diese sehr viel schneller und leichter sequenzieren lassen, als die gesamte Kette. "Doch dann beginnt die eigentliche Arbeit erst", weiß Prof. Dr. Sebastian Böcker, neuer Inhaber des Lehrstuhls für Bioinformatik an der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Denn nun heißt es, die einzelnen Bruchstücke in der richtigen Reihenfolge wieder zusammen zu "puzzeln", damit die enthaltene Information lesbar wird.
Im Falle des menschlichen Genoms, das aus rund drei Milliarden Einzelbausteinen besteht, bedeutet das beispielsweise, mehrere Millionen Bruchstücke zu sortieren. "Das schafft kein Mensch", so Prof. Böcker. Doch auch Computer brauchen für diese Rechenleistung weit mehr als nur genügend Arbeitsspeicher. "Dazu bedarf es vor allem effizienter, auf das Problem abgestimmter Algorithmen", erklärt der Mathematiker, der am 13. Oktober seine öffentliche Antrittsvorlesung halten wird. Beginn der Vorlesung ist 13.15 Uhr in der Aula im Universitätshauptgebäude (Fürstengraben 1).
Dem "Maßschneidern" solcher Computer-Algorithmen hat sich Prof. Böcker verschrieben. Derzeit arbeiten er und sein Team an der Universität Jena daran, Daten aus massenspektrometrischen Messungen zu analysieren. "Die Massenspektrometrie ist heute die am häufigsten verwendete Methode, um die Zusammensetzung von Eiweißen und Stoffwechselprodukten eines Organismus zu bestimmen", erläutert der 36-Jährige. Dementsprechend ausgereift sei die Messtechnik. "Doch was die Auswertung der gewonnenen Daten im Computer betrifft, gibt es noch viel aufzuholen". Schlüssel dazu sei die Bioinformatik, so Böcker weiter, mit deren Hilfe sich jedoch nicht nur bestehende biologische Probleme und Fragestellungen lösen lassen. "Häufig kommt es durch die Anwendung dieser Methoden sogar zu einem Zugewinn an ganz neuem biologischen Wissen."
Bevor Sebastian Böcker an die Friedrich-Schiller-Universität Jena berufen wurde, hat der Vater eines kleinen Sohnes drei Jahre lang eine Nachwuchsgruppe an der Universität Bielefeld geleitet. Während dieser Zeit förderte ihn die Deutsche Forschungsgemeinschaft im Programm "Aktionsplan Informatik", einem Zweig des Emmy Noether-Programms. Zuvor hatte Böcker mehrere Jahre in der Industrie gearbeitet: zunächst bei der SEQUENOM GmbH in Hamburg, später bei der Mutter-Firma SEQUENOM Inc. im kalifornischen San Diego. Auslandserfahrung machte der gebürtige Bielefelder jedoch auch schon während seiner Doktorarbeit an der Universität Bielefeld, die ihn 1999 für einige Monate an die University of Canterbury nach Neuseeland führte.
Kontakt:
Prof. Dr. Sebastian Böcker
Institut für Informatik der Friedrich-Schiller-Universität Jena
Ernst-Abbe-Platz 2, 07743 Jena
Tel.: 03641 / 946451
Fax: 03641 / 946452
E-Mail: boecker[at]informatik.uni-jena.de
Prof. Dr. Sebastian Böcker.
Foto: FSU-Archiv
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Criteria of this press release:
Information technology, Mathematics, Physics / astronomy
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