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Die Suche nach Ariadne, Barbie und Superman gelingt mit modernsten bioinformatischen Methoden
Was haben Ken und Barbie, Superman, Groucho und Ariadne gemeinsam?
Es handelt sich bei allen um Namen von Genen, denen gemeinsam ist, dass sie oft unter mehreren Namen bekannt sind. Gen-Namen und deren Interaktionen in Texten automatisch zu identifizieren, ist eine ernste Herausforderung für Wissenschaftler und die pharmazeutische Industrie.
Auf der Fachkonferenz für Bioinformatik und Textanalyse "BioCreAtIvE", die vom 23. bis 25. April 2007 in Madrid stattfand, kam eine weltweite Forschergemeinschaft zusammen. Hier wurden die neuesten Lösungsansätze für Suchtechnologien in den Lebenswissenschaften im direkten Wettbewerb miteinander verglichen. Dabei hat die Gruppe von Michael Schroeder, Professor für Bioinformatik am BIOTEC der TU Dresden, in der Disziplin "Genidentifikation" teilgenommen. Dr. Jörg Hakenberg, aus der Gruppe von Professor Michael Schroeder, berichtet: "Die harte Arbeit der letzten Monate hat sich ausgezahlt: Wir haben eine Goldmedaille geholt."
Warum ist eine solche Suchmaschine wie die von der Arbeitsgruppe Schroeder entwickelte so wichtig? Einige Gene, wie Ariadne oder Barbie haben mehrere Namen und andere Namen von Genen bezeichnen unterschiedliche Gene. Alles in allem ein begrifflicher Dschungel. Das Problem multipliziert sich dadurch, dass täglich über 2.000 neue wissenschaftliche Artikel in der Biomedizin erscheinen und dass moderne experimentelle Methoden die Analyse von Tausenden von Genen automatisch bewerkstelligen, die Resultate aber per Hand ausgewertet werden müssen. Jörg Heinrich, Leiter der Forschungsabteilung der Dresdener Resprotect GmbH, die an Wirkstoffen gegen Krebs arbeitet, rechnet vor, dass es zwischen 1.000 interessanten Genen theoretisch Millionen von Beziehungen geben kann.
Dass die gewonnene Medaille der Arbeitsgruppe Schroeder tatsächlich golden ist, bestätigt Dr. Michael R. Alvers, CEO der Transinsight GmbH, ansässig im BioInnovationsZentrum Dresden: "Im Rahmen unserer Kollaboration mit Schroeders Arbeitsgruppe und der TU Dresden optimieren wir den Technologietransfer solcher wissenschaftlicher Resultate in unser Produkt GoPubMed, der ersten wissensbasierten Suchmaschine weltweit. Unsere Kunden und Partner wie Unilever
und Elsevier warten schon gespannt auf die nächste Version unserer Suchmaschine. Proteinnamen und deren Beziehungen zu finden, ist in der pharmazeutischen Industrie ein heißes Thema."
Über Transinsight
Die 2005 gegründete Transinsght ist auf wissensbasierte Lösungen in den Life Sciences spezialisiert. Das Flagschiffprodukt GoPubMed, eine der bekanntesten biomedizinischen Suchmaschinen, ist die erste wissensbasierte Suchmaschine für die Life Sciences auf dem Internet. Transinsight befindet sich im führenden deutschen Bioinnovationszentrum, dem BioInnovationCenter Dresden BIOZ, wo Wissenschaft und junge Industrie unter einem Dacht forscht und arbeitet. Transinsight arbeitet eng mit der TU Dresden zusammen.
Information für Journalisten: Dr. Michael R. Alvers, CEO der Transinsight GmbH,
Telefon: +49 351 463-40059, E-Mail: malvers@transinsight.com
Criteria of this press release:
Biology, Information technology, Medicine, Nutrition / healthcare / nursing
transregional, national
Research projects
German
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