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Bakteriorhodopsin (grün) in der Zellmembran eingebettet in Wasser(oben/unten). Der Retinalfarbstoff (gelb) fängt das notwendige Licht für den Protonentransport ein. Das gesamte Modell umfasst etwa 40.000 Atome, für die in der Simulation die wechselseitigen Kräfte berechnet und die Bewegungsgleichungen gelöst werden müssen.
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