idw – Informationsdienst Wissenschaft

Nachrichten, Termine, Experten

Grafik: idw-Logo
Science Video Project
idw-Abo

idw-News App:

AppStore

Google Play Store



Instanz:
Teilen: 
18.12.2018 14:31

Einheitliche Qualitätsstandards für die Virenforschung

Stephan Brodicky Öffentlichkeitsarbeit
Universität Wien

    Internationales Konsortium stellt Richtlinien und Praxisempfehlungen für die Erforschung neuer Viren auf

    Mikroorganismen in auf und um unseren Planeten wird nachgesagt in ihrer Zahl die Anzahl der Sterne in der Milchstraße zu übersteigen. Die Gesamtanzahl der Viren ist jedoch um ein Vielfaches höher. Zahlreiche Arten sind derzeit noch unbekannt und der Forschung nicht zugänglich. Die Anzahl derartiger Datensätze verdreifacht sich jedes Jahr. Ein internationales Forschungsteam um den Mikrobiologen Thomas Rattei von der Universität Wien hat nun neue Standards zur Einordnung der Forschungsdaten definiert. Die Ergebnisse erscheinen aktuell im Fachjournal Nature Biotechnology.

    Um einheitliche Qualitätsstandards in diesem wichtigen Forschungsbereich einzuführen, hat sich vor zwei Jahren ein internationales Konsortium formiert. Seitens der Universität Wien arbeitete Thomas Rattei vom Department für Mikrobiologie und Ökosystemforschung in dieser Gruppe mit. Das Team um den Mikrobiologen erforscht seit Jahren die Evolution viraler Proteinfamilien und entwickelt dafür spezielle Bioinformatik-Werkzeuge und -Datenbanken. Rattei argumentiert: "Viren sind nicht nur wichtige Krankheitserreger des Menschen, sondern essenzielle Bestandteile aller Ökosysteme. Deren Erforschung mit Hilfe moderner Genomik-Methoden ist nur möglich, wenn die erzeugten großen Datenmengen einheitlichen Qualitätsstandards gehorchen."

    Das internationale Forschungsteam hat Inhalt und Struktur der minimalen Informationen definiert, die in der Genomforschung unkultivierbarer Viren wichtig sind. Dies umfasst Angaben zu Probenmaterial, Virus-Identifikation, Sequenzierung und Datenqualität. Die Angabe dieser Informationen wird für künftige Forschungsprojekte obligatorisch sein. Im Rahmen der aktuellen Publikation im Fachjournal Nature Biotechnology werden diese neuen Standards vorgestellt und durch Richtlinien und Praxisempfehlungen ergänzt.

    Eine zentrale Rolle nahm bei der Koordination dieses Projekts das "Genomic Standards Consortium (GSC)" ein. Diese, für alle WissenschafterInnen offene, Gemeinschaft engagiert sich seit vielen Jahren für die Erstellung von Standards in der Genomforschung und hat schon zahlreiche internationale Projekte in diesem Bereich koordiniert. Vom 20. Bis 23. Mai 2019 wird das GSC auch seine Jahrestagung an der Universität Wien abhalten.

    "Diese Standards schließen eine wichtige Lücke und sind ein wirksames Instrument, um angesichts des massiven Wachstums der Sequenzdaten von Viren und Mikroorganismen vergleichende Analysen durchführen zu können", so Rattei und ergänzt: "Sie bieten die Möglichkeit, Barrieren für den Datenaustausch niederzubrechen und die Reproduzierbarkeit der Genomforschung sicherzustellen. Die Notwendigkeiten sehen wir BioinformatikerInnen in unserer täglichen Arbeit immer wieder."

    Publikation in "Nature Biotechnology "
    Simon Roux, Evelien M Adriaenssens, Bas E Dutilh, Eugene V Koonin, Andrew M Kropinski, Mart Krupovic, Jens H Kuhn, Rob Lavigne, J Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K Aziz, Seth R Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R Cochrane, Rebecca A Daly, Christelle Desnues, Melissa B Duhaime, Joanne B Emerson, François Enault, Jed A Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L Hurwitz, Natalia N Ivanova, Jessica M Labonté, Kyung-Bum Lee, Rex R Malmstrom, Manuel Martinez-Garcia, Ilene Karsch Mizrachi, Hiroyuki Ogata, David Páez-Espino, Marie-Agnès Petit, Catherine Putonti, Thomas Rattei, Alejandro Reyes, Francisco Rodriguez-Valera, Karyna Rosario, Lynn Schriml, Frederik Schulz, Grieg F Steward, Matthew B Sullivan, Shinichi Sunagawa, Curtis A Suttle, Ben Temperton, Susannah G Tringe, Rebecca Vega Thurber, Nicole S Webster, Katrine L Whiteson, Steven W Wilhelm, K Eric Wommack, Tanja Woyke, Kelly C Wrighton, Pelin Yilmaz, Takashi Yoshida, Mark J Young, Natalya Yutin, Lisa Zeigler Allen, Nikos C Kyrpides & Emiley A Eloe-Fadrosh
    Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)
    DOI: nbt.4306


    Wissenschaftliche Ansprechpartner:

    Univ.-Prof. Mag. Dr. Thomas Rattei
    Department für Mikrobiologie und Ökosystemforschung Research Network Chemistry meets Microbiology
    Universität Wien
    1090 - Wien, Althanstraße 14 (UZA I)
    +43-1-4277-766 80
    thomas.rattei@univie.ac.at


    Originalpublikation:

    https://www.nature.com/articles/nbt.4306


    Bilder

    Merkmale dieser Pressemitteilung:
    Journalisten
    Biologie, Chemie, Ernährung / Gesundheit / Pflege, Medizin
    überregional
    Forschungsergebnisse, Wissenschaftliche Publikationen
    Deutsch


     

    Hilfe

    Die Suche / Erweiterte Suche im idw-Archiv
    Verknüpfungen

    Sie können Suchbegriffe mit und, oder und / oder nicht verknüpfen, z. B. Philo nicht logie.

    Klammern

    Verknüpfungen können Sie mit Klammern voneinander trennen, z. B. (Philo nicht logie) oder (Psycho und logie).

    Wortgruppen

    Zusammenhängende Worte werden als Wortgruppe gesucht, wenn Sie sie in Anführungsstriche setzen, z. B. „Bundesrepublik Deutschland“.

    Auswahlkriterien

    Die Erweiterte Suche können Sie auch nutzen, ohne Suchbegriffe einzugeben. Sie orientiert sich dann an den Kriterien, die Sie ausgewählt haben (z. B. nach dem Land oder dem Sachgebiet).

    Haben Sie in einer Kategorie kein Kriterium ausgewählt, wird die gesamte Kategorie durchsucht (z.B. alle Sachgebiete oder alle Länder).